L'aventure commence alors que Link, guidé par une force mystérieuse et inconnue, visite un ancien château situé dans la forêt. Alors qu'il explore le château, Link se retrouve en face de la Triforce, qui réside sur un autel. Lorsque Link touche la Triforce, un éclat éblouissant de lumière l'aveugle et une voix surnaturelle hurle. Lorsqu'il reprend ses esprits, Link se retrouve dans une forêt qu'il n'avait jamais vue auparavant.
Link rencontre alors une troupe de voyageurs et décide de les rejoindre.
Il fait alors la connaissance de Din, un des voyageurs de la troupe.
Mais ces bons moments sont gâchés lorsqu'un nuage vient remplacer le soleil. Sans avertir, une tornade géante emporte Din et dit :"Je t'ai enfin trouvé, Din ! Je suis Dark General Gorgon. Tu es vraiment le Premier Lieu Saint de Gaia !" La Tornade disparaît subitement, mais son réveil bouscule l'ordre des saisons.